Während der gesamten Mission wird Mars Express von Zeit zu Zeit auf seinem Orbit - von der Erde aus gesehen - hinter dem Mars verschwinden. Kurz bevor die Sonde allerdings vollständig hinter dem Planetenkörper verschwindet, durchlaufen die Radiosignale von der Sonde auf ihrem Weg zur Erde zuerst die äußere Ionosphäre und später die dichtere Atmosphäre des Mars. Die Änderung der Signaleigenschaften gibt Auskunft über den physikalischen Zustand der Gashülle des Planeten.